함세웅 신부의 집전으로 영결미사 및 영결식이 열렸고 본당 안은 고 김근태 의원들을 추모하기 위한 조문객들로 발 디딜 틈이 없었다.
미사에는 한명숙, 이해찬·정운찬 전 총리와 민주통합당 손학규·정동영 의원 ,통합진보당 이정희 의원 등 정계 인사들도 함께 했다.
함세웅 신부는 "전기 고문을 당한 김 고문은 이전과 다른 내적, 외적 상처를 입고 있었지만 우리는 그 분에게 아무 일도 일어나지 않은 것처럼 청년 시절의 열정을 갖고 앞장서라고 밀어붙였다"며 "그걸 반성하고 인재근 여사에게 사죄드린다"고 고개를 숙였다.
이후 열린 영결식에서는 고인의 지인들이 추모사를 낭독했다.
이정희 통합진보당 공동대표는 "당신께서 마지막으로 자신의 블로그에 남긴 '2012년을 점령하라'는 말씀을 가슴 깊이 새겨 2012년 반드시 민주주의를 되찾고 국민의 희망을 살리겠다"고 말했다.
이인영 전 민주당 최고위원은 "고문으로 인한 상처와 파킨슨병에도 당신은 세상의 변화를 정확히 간파하고 새로운 길을 제시하고 있었다"며 "우리는 우리의 철학·가치·전략을 제시해주던 사람을 잃고 말았다"고 전했다.
이후 운구행렬은 청계천 전태일 다리를 지나 고인의 지역구인 민주통합당 도봉갑 지역위원회 사무실을 경유한 뒤 김고문의 시신은 경기도 마석 모란공원으로 안장된다.
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